一般并没有治疗孢子菌最有效的药的说法，但发生孢子菌感染的情况，具体可以根据患者感染的部位、个人体质以及病情严重程度等因素来决定适宜的治疗药物。如果肺部发生孢子菌感染，可以选用氟康唑片、伊曲康唑胶囊等药物；若是皮肤部位出现孢子菌感染的现象，则建议使用咪康唑乳膏、酮康唑软膏等外用药物，但具体药物使用必须严格按照医生的指导。
孢子菌属于真菌，因此常使用抗真菌的药物进行治疗。肺部感染孢子菌的患者可因个体差异出现发热、头痛、干咳、气短、呼吸急促、肌肉酸痛等现象；皮肤感染孢子菌可出现毛囊性的丘疹、或伴有瘙痒疼痛等症状。在治疗孢子菌感染期间，建议患者注意个人卫生，保持规律作息，多饮水，饮食应清淡富有营养，同时遵医嘱进行复查。