第三针疫苗打好第二天喉咙疼有可能是不良反应、上呼吸道感染、咽喉炎等导致的，一般通过生活调理、药物治疗等方式进行缓解，如果长期无法缓解，要及时去医院进行治疗。
1、不良反应：疫苗对于人体来说属于异体蛋白，体内的免疫系统可能会排斥，因此会出现皮肤瘙痒、发烧、喉咙疼等不良症状，这种情况一般不用进行特殊治疗，2-3天可自行缓解，患者可以通过多喝水、多休息等方式进行缓解。
2、上呼吸道感染：上呼吸道感染通常由病毒感染引起，有可能出现咳嗽、流涕、喉咙疼等症状，患者可以在医生的指导下使用蒲地蓝口服液、连花清瘟胶囊等药物，同时注意多喝热水和保证充足的睡眠。
3、咽喉炎：咽喉炎患者也有可能出现喉咙疼的症状，患者可以在医生的指导下服用西瓜霜润喉片、草珊瑚含片等药物，平时要注意饮食清淡，避免油腻、刺激类的食物，例如烧烤、油炸等，这些可能会加重病情，多吃些雪梨、枇杷等水果。