临床上一般没有菌群性阴炎这个说法，多考虑为医学上菌群失调导致的女性外阴炎、阴道炎，或男性阴茎头炎等疾病，是否严重需要根据病情来明确，如果仅出现轻微瘙痒或红肿等较轻症状较轻时可进行观察，通常无需特殊治疗。如果症状较为明显或有异常症状时，如女性出现分泌物异常增多，且呈豆腐渣样或有异味的颜色异常等症状，以及男性出现流脓、疼痛等症状，建议及时就医明确诊断，并遵医嘱使用高锰酸钾、甲硝唑、克霉唑、左氧氟沙星等药物进行治疗。
患有菌群失调的人群，平时要注意个人及环境的卫生、清洁，勤换洗衣物，尤其是内裤，有条件建议在阳光下暴晒，晾干后再穿，以免感染。还要注意合理饮食，加强营养，少吃辛辣刺激的食物，多吃新鲜果蔬，多喝水，适当锻炼身体，多休息，避免劳累和熬夜，保证居室通风换气，保持平和的心情。