通常情况下，肿瘤基因检测的方式主要有组织活检、液体检测等，根据检测方法的不同，其取样的方式也不同。
1.组织活检
肿瘤基因检测就是对患者的肿瘤组织细胞、肿瘤DNA、肿瘤基因链等进行相关检测，患者可以在医生的建议下通过组织活检的方式来进行。组织活检的采样方式就是利用肠镜、尿道镜、阴道镜、腹腔镜等来对不同位置生长的肿瘤部分细胞进行刮取，然后送至实验室进行组织检测。该种方式相对液体检测可以更加直接地对肿瘤进行检测，但取样过程相对繁琐。
2.液体检测
肿瘤基因检测还可以通过液体检测的方式来进行，液体活检属于非侵入式血液检测，通过对患者的血液进行采取来检测血液中肿瘤细胞、肿瘤细胞碎片等，从而达到肿瘤基因检测的目的，通常是在患者的肿瘤组织难以直接获取的情况下进行的。