通常射精后排尿疼痛的原因有很多，如尿道损伤、尿道炎、尿道结石等，患者一般可通过应用药物、手术等方式进行治疗。患者还需要养成良好的个人卫生习惯，保证规律作息，疾病治疗和恢复期间保持清淡饮食。
1.尿道损伤
当尿道口受过伤存在黏膜破损的情况时，患者可能会由于尿液流过刺激痛觉神经，从而出现射精后排尿疼痛的现象。通常等伤口恢复便能缓解疼痛，一般可通过定期对伤口进行清洁护理的方式来促进伤口恢复。
2.尿道炎
如果存在细菌感染引起尿道炎症的情况，在射精后也会出现排尿疼痛的现象。因为射精管位于尿道附近，射精需要经过该部位，炎症刺激和射精活动会加重排尿的疼痛感。患者一般可在医生的指导下应用药物如头孢曲松、氧氟沙星等来进行治疗。
3.尿道结石
尿道结石指的是存在于尿道中的固体状异物。排尿过程中，由于液体流动，结石容易与尿道壁发生摩擦产生疼痛的感觉。一般轻症患者，可通过大量饮水将结石排出体外，如果结石较大的情况，通常要通过手术来治疗。