儿童清晨5点至7点咳嗽可有多种因素的影响，主要可考虑为环境刺激、感冒、病毒或细菌感染等原因而引起的症状，需要在明确病因后，采取相对应的处理方式。
1、环境刺激
在受到外界环境因素的刺激后，儿童可出现咳嗽现象，常见于受凉、天气干燥等，例如儿童乱踢被子、夏季空调温度较低等情况，使得孩子受到寒冷刺激后而引发咳嗽，再者室内空气比较干燥，导致孩子气道黏膜的湿润度不足，也可对呼吸道造成刺激而出现咳嗽。因此需要注意防寒保暖，调整适宜的室内温度以及湿度。
2、感冒
儿童清晨5点至7点咳嗽可见于感冒而引起的反应，以外感风邪为主要病因，可出现咳嗽、发热、头痛等临床表现。若咳嗽症状较轻微，且无其他不适反应，可先不选用药物，在生活上注意根据天气变化，及时增减衣物，还可让孩子进行户外活动，增强体质。
3、病毒或细菌感染
在孩子受到病毒或细菌感染时，使得呼吸道发生炎症，也可出现咳嗽的症状，主要有咽炎、喉炎、扁桃体炎、支气管炎等病症。若是咳嗽的症状比较严重，或是持续未能好转，需要及时到医院进行诊治，可使用利巴韦林、阿莫西林等消炎药物，但具体药物需遵照医生指导。