通常跑步三公里小腿外侧特别疼可能是一种正常的生理现象，但是并不排除肌肉拉伤等原因导致的，可以通过调整生活结构、应用药物等方式进行缓解。休息时适当抬高患肢，遵医嘱进行相关部位的功能锻炼。
1.生理现象：当患者跑步三公里后，可能由于活动量较大导致腿部肌肉分泌乳酸较多从而引起疼痛感，这是一种正常的生理现象，建议患者在局部患处使用热毛巾进行热敷轻揉，一段时间后症状可逐渐消除，平时多注意休息，再进行跑步运动时要适量进行，不要过度劳累。
2.肌肉拉伤：在运动中急剧收缩或过度牵拉引起的损伤，所以会导致跑步三公里后小腿外侧特别疼的现象。建议患者可以在医生的指导下使用萘普生、布洛芬缓释胶囊等药物进行治疗，注意短期内避免剧烈体育运动及重体力劳动。