更年期月经不干净可以在医生的指导下使用的药物有：止血的药物、调节激素类的药物、孕激素类的药物，在日常生活中要多注意休息，避免从事重体力劳动，保持心情的舒畅。建议患者出现了任何不适，要及时到正规医院检查，进行针对性治疗，避免盲目用药。
1、止血的药物：更年期的女性会出现卵巢功能衰退，性激素水平下降等，有可能会导致女性出现月经量变多，月经不规律的现象。建议可在医生的指导下使用止血的药物进行治疗，比如宫血宁胶囊、葆宫止血颗粒等药物。
2、调节激素类的药物：由于雌激素水平降低，引起子宫末梢的血管扩张，血流增加，月经淋漓不断的情况。因此可遵医嘱使用调节激素类的药物进行治疗，比如戊酸雌二醇片、炔雌醇片等。
3、孕激素类的药物：更年期的女性孕激素的水平也会降低，月经期间的子宫内膜脱落后不能及时得到修复，从而出现月经不干净的情况。建议在医生的指导下使用炔诺酮片、黄体酮胶囊等药物进行缓解。