通常情况下，龟头流脓小便尿道疼痛，可能是由于尿道炎、前列腺炎等引起的，建议患者及时到医院检查，并由医生指导进行治疗，应根据医嘱使用药物。日常中患者应多注意个人卫生，勤换洗内裤，避免性生活过多，避免食用辛辣刺激的食物。
1、尿道炎：尿道炎的病因通常是病原微生物入侵、免疫功能障碍等，患者可能会产生尿痛、尿道口红肿等症状。男性在感染尿道炎以后没有及时治疗，可能会导致龟头流脓，从而伴有尿道疼痛的症状，患者可以根据医嘱应用药物，如头孢曲松、环丙沙星等进行治疗。对于尿道狭窄的患者，还应该进行手术治疗。
2、前列腺炎：前列腺炎的病因通常是致病菌病原体感染，患者可能会产生排尿刺痛、外生殖器不适等症状，患者在感染前列腺炎后不及时进行治疗，或者进行了不洁的性生活等，可能会加重细菌入侵，造成龟头流脓小便尿道疼痛，患者可以根据医嘱应用药物，如环丙沙星、氧氟沙星等进行治疗。