毒菌性阴炎即临床上所称的霉菌性阴道炎，患者可以在医生的指导下应用广谱抗真菌的西药或中草药进行治疗。对于患有霉菌性阴道炎的患者临床常用的有伊曲康唑、氟康唑等。除了治疗患者本身的霉菌性炎症还可以控制由炎症引起的泌尿系统的真菌感染。但该类药物主要通过肝肾代谢，在使用的过程中一定要注意监测患者肝肾功能的变化。对于中医辨证治疗如利用苍术、苦参、益母草等及复方黄柏洗液、苦参凝胶来治疗霉菌性阴道炎综合调理人体的整个状况，达到抗真菌的目的。
毒菌性阴道炎在临床上容易反复发作，由于个人体质差异及发病机制的不同建议通过真菌细菌培养和药敏试验进行针对性治疗，治疗效果相对会更好。霉菌比较喜欢在潮湿的环境中生长，患者日常应注意保持阴部清洁干爽。