粘液腺囊肿可以通过应用药物、手术等方式进行治疗。粘液腺囊肿还可见于其他治疗方法，建议明确病因后在医生的指导下进行下一步检查治疗。
1.药物
粘液腺囊肿是在口腔当中形成的一种包含透明液体的薄囊，可以通过将类固醇注射到囊肿当中，减少囊肿中的炎症并且加速其愈合，如醛固酮、脱氧皮甾酮等。注射皮质类固醇适用于对类固醇没有副反应的粘液腺囊肿患者。
3.手术手段
粘液腺囊肿可能会出现囊肿可移动、无法正常咀嚼或说话等症状，在粘液腺囊肿比较严重的情况下，可以通过手术手段切除囊肿。手术切除这种方法对于复发多次的囊肿是一种比较常用的治疗方法。