新生儿肠炎一般是由各种致病微生物引起的，可伴有腹泻、发热、呕吐等症状，治疗方式包括一般治疗、对症治疗和药物治疗，具体如下：
一、一般治疗
由于新生儿的新陈代谢能力较差，家长需要密切监测新生儿的病情，如果新生儿病情较为严重，长时间不能正常饮食，保证不了营养以及热量的供应，建议输入必需氨基酸、脂肪乳剂等药物，从而保证营养均衡。
二、对症治疗
如果新生儿伴有腹泻，建议使用止泻的药物，比如蒙脱石散、益生菌、锌制剂等，从而起到止泻的作用；如果新生儿发热体温较高时，建议使用退烧药物，比如对乙酰氨基酚、布洛芬等，从而起到降温的作用。
三、药物治疗
新生儿肠炎采取药物治疗首先要确定病因，如果是细菌感染，建议使用抗生素，比如头孢克肟、羧苄西林等；如果是真菌感染，应该停止抗生素治疗，改用制霉菌素、克霉唑等抗真菌药物治疗。