孕囊大小与患者药流是否干净没有特别大的关系，孕囊小并不意味着患者进行药流后能流得干净，只是由于药流通常被用于孕妇在怀孕早期时，而这时患者的孕囊由于未发育完全通常体积较小而已。由于药流主要是通过米非司酮、米索前列醇等药物使子宫发生宫缩将孕囊排出体外，患者的孕囊较小时反而不容易被子宫挤压至流出，从而影响正常的药流效果。
患者在药流后应注意孕囊排出状况，在药流后应注意流得是否干净，即是否有观察到孕囊排出，如果孕囊未排出的话应及时去医院就诊，必要时需要进行清宫手术。患者在药流时由于流血量较大、子宫内膜受到创伤，很容易受到感染，所以患者应注意局部的卫生清洁，药流后患者还应保持充足的休息以帮助身体的恢复。