通常情况下，肛门和尿道口中间长了个疙瘩很疼的原因有很多，如皮脂腺囊肿、阴唇肥大症等，患者可以在医生的指导下，通过应用药物、手术等方式进行治疗，必要时建议及时就医。
1、阴唇肥大症
肛门和尿道口中间长了个疙瘩很疼有可能是阴唇异常肥大导致的。该种疾病一般是由于频繁摩擦或者先天疾病等原因所导致的，即阴唇的大小远超过正常的标准。有的除了美观性不佳而无不适感产生，一般不需要治疗，如果出现疼痛影响排尿和坐姿，可考虑通过应用边缘切除术、下级切除术等手术的方式进行治疗。
2、皮脂腺囊肿
皮脂腺囊肿指的是皮肤表面的皮脂淤积导致良性囊肿。通常与阴道外周皮肤环境有关，出汗潮湿未及时清理时容易诱发该疾病，出现肛门和尿道口中间长了个疙瘩很疼的症状。患者通常可以在医生的指导下对症应用头孢克肟、青霉素等药物进行治疗，如果疙瘩比较大的情况建议通过囊肿切除术等手术的方式进行治疗。