通常情况下，男性射精后尿道疼痛小便刺痛可能是由于精囊炎、尿道炎等引起的，患者可以通过应用药物、手术等方式进行治疗。平时饮食应忌辛辣刺激食物，不要吃辣椒、花椒等，忌海鲜、发物，如海虾、带鱼等。
1、精囊炎：精囊炎通常是由于致病菌入侵引起的，患者可能会出现射精痛、尿痛等症状，因此男性射精后尿道疼痛小便刺痛可能是由于精囊炎引起的。精囊炎可能会造成性功能障碍、不育等并发症。因此患者应该及时前往医院，根据医嘱应用药物，如头孢呋辛、左氧氟沙星等进行治疗。对于药物疗效不明显的患者，还应该采取精囊镜手术进行治疗。
2、尿道炎：尿道炎通常是由于病原微生物入侵、免疫功能障碍等引起的，可伴有尿痛、尿道口红肿等症状。男性在进行性生活并射精后，可能会有病原微生物入侵，从而导致男性患有尿道炎，产生小便刺痛的感觉。患者可以根据医嘱使用药物，如头孢曲松钠、环丙沙星等进行治疗。对于尿道狭窄的患者，可进行手术治疗。