阿奇霉素是可以用来治疗泌尿系统感染的，但更多地被用于治疗呼吸道感染及盆腔炎等疾病，而泌尿系统感染常用到的抗生素多为头孢类及喹诺酮类等，如头孢呋辛、左氧氟沙星等。阿奇霉素属于大环内酯类，对革兰阳性菌的酿脓链球菌及溶血性链球菌等及革兰阴性菌的卡他莫拉菌、流感嗜血杆菌及沙眼支原体等敏感，若引起泌尿系统感染的病原微生物是上述微生物，则使用阿奇霉素治疗有效。
对于泌尿系统的治疗，一般经验性用药首选喹诺酮类或头孢类，若治疗无效，可留取尿培养，并做药敏试验，再据药敏试验结果选择敏感抗生素，以达到最佳治疗效果。阿奇霉素常见的不良反应有稀便、恶心、局部炎症、口腔炎及头晕等，一般无需担心，症状会自行缓解，若不良反应较严重可遵医嘱换药。另外对大环内酯类药物，如阿奇霉素、红霉素等药物过敏者不能使用阿奇霉素。