通常窦性心律不齐可以通过药物应用、借助辅助仪器等方式进行治疗，如果情况不严重时，可以不进行特殊治疗，休息后可自行缓解。
1、需要治疗
如果长期出现窦性心律不齐，每分钟跳动频率持续低于50次或者高于100次，同时伴有其他不适症状时则需要引起重视。一般甲状腺功能疾病、心脏性疾病、贫血或者某类药物使用等都有可能引起长期的窦性心律不齐。通常可以使用面罩吸氧、或者在医生建议下应用药物进行治疗，如美托洛尔、阿托品等。
2、无需治疗
窦性心律指的是人体心脏起搏点-窦房结处发生的心脏节律性跳动，正常每分钟跳动频率约为60-100次。而窦性心律不齐指的是窦房结发起的心脏跳动节律失衡，产生或快或慢的异常现象。如果是在运动过后或者身体受累后偶尔出现窦性心律不齐，且出现的频次不多时一般不需要治疗，属于正常的生理反应，一段时间后会恢复正常。