打哈欠的时候眼睛疼一般考虑的可能是眼疲劳、结膜炎等情况。打哈欠是常见的生理现象，多在疲劳困倦时出现，打哈欠时出现眼睛痛，比较少见，所以需要排除眼源性疾患，受到牵拉引发的病症，需要观察视力，眼底变化等。建议及时前往正规医院眼科就诊，并且进行相应检查，明确病因后进行针对性治疗。
1、眼疲劳：一般出现打哈欠是证明处于较为劳累的状态下，此时可能是用眼过度而导致的眼睛痛，建议日常减少用眼时间，减少电子产品的使用时间，每隔1~2个小时可以起身运动一会，看向远方的风景，让眼睛有适当的休息。如果还是有疼痛的现象，还可以适当使用眼药水来缓解症状。可以适当补充维生素，如维生素A、维生素B2、维生素C、维生素E，多吃胡萝卜、动物内脏、绿色蔬菜、水果等。
2、结膜炎：如果怀疑是结膜炎，要及时确定结膜炎的性质，因为结膜炎有很多种类型，它可以由细菌、病毒等病原微生物感染所引起，还可以因化学、物理刺激所引起。针对不同原因引起的结膜炎的治疗也是有所差异的，如细菌性结膜炎可以使用广谱类的抗生素，例如氧氟沙星滴眼液、妥布霉素滴眼液，确定是何种病原体感染引起的结膜炎后使用敏感抗生素，可有效缩短病程。