百日咳主要是由于百日咳鲍特菌感染引起的急性呼吸系统传染病，咳嗽严重，病程比较长。如果在百日咳恢复期咳嗽加重，可能是由于在恢复期间有其他病原体的感染或者处于痉咳期等。
1、其他病原体的感染
由于百日咳病程比较长，抵抗力下降，如果患者存在营养跟不上或者护理不及时的情况等那么就有很大的可能会有其他病原体的感染，所以咳嗽会加重。此时可以去医院进行相应的检查，判断患者是否存在新的感染病灶。如果明确病因，要在原来的抗生素治疗上加上新的抗生素治疗，进行对症治疗。这段时间，患者也要加强营养的摄入，提高自身的抵抗力。
2、痉咳期
在百日咳恢复期间，如果患者突然咳嗽加重，可能是处于痉咳期，在这段时间，会出现阵发性痉挛性咳嗽。此时，要去医院进行相应的治疗，比如抗生素治疗，可以选用大环内酯类抗生素，比如阿奇霉素、红霉素等，这样可以缩短痉咳期。在生活方面家长要保证宝宝的休息并且有充足的睡眠；在饮食方面，要尽量少给宝宝食用辛辣、刺激的食物，因为辛辣、刺激的食物会使咳嗽加重。