一般情况下，微波消融术和微创手术相比，微创手术较好，其创伤小，且恢复快。微波消融术和微创手术通常都用于治疗恶性肿瘤，比如肺癌，此时微创手术可以在切除原发肿瘤的同时，来清扫其周边的淋巴结，从而达到最大程度清除体内肿瘤细胞的作用，其效果是比较好的。而微波消融术通常是针对不愿意进行手术或无法进行手术的患者，此时可以通过消融的方式让探针直达肿瘤部位，从而实现消融肿瘤细胞的目的。但其不易控制，能量过高可能会导致周边组织损伤，若能量不足，可能无法彻底消除肿瘤，此时患者很容易出现复发的情况。
身体状况良好且愿意进行手术的患者，建议选择微创手术，其创伤较小且后期恢复较快，通常不会对患者造成其他影响。但小部分年老体衰的患者，由于体质问题，通过多次微波消融术来进行治疗，可能效果要好一点。若患者出现恶性肿瘤，建议由医生根据患者的具体情况及家属意愿来进行综合考虑，从而选出合适的治疗方案。