一般情况下，透明隔囊肿需要根据是否出现症状来确定治疗方法。若没有症状，通常无须治疗，定期复查即可。若出现明显症状，一般可以通过手术进行治疗，比如内镜开窗术、立体定向囊肿穿刺手术、直接开颅手术等。
透明隔囊肿一般是发生在脑部的罕见疾病之一，通常正常人群的两层膈膜会逐渐融合，从而形成透明膜，但少数人群可能出现两层壳膜未完全融合的情况，此时会成为透明膈膜。而透明膈膜如果出现液体，可能会导致隔腔异常扩大，形成透明隔囊肿。若患者并没有出现症状，通常无须特殊处理，但需要根据医生要求定期复诊。
若患者出现明显症状，比如难以缓解、反复发作的头痛等，建议及时进行手术治疗，比如内镜开窗术、立体定向囊肿穿刺手术、直接开颅手术等，可以缓解或解除患者症状。若不及时治疗，可能会引发患者出现其他并发症，比如癫痫等。