宝宝反复发烧39度可能是体温调节中枢发育不完善造成的，也有可能是病毒感染的原因。家长在宝宝发烧期间需要给宝宝多喝一些温开水，补充身体内所缺乏的水分，以免出现脱水的情况。
1、体温调节中枢发育不完善
当体温在37.3℃到38℃的时候属于低烧，如果高于38℃就属于高烧，而宝宝反复发烧39℃，就有可能是因为体内调节中枢发育不完善引起的，一般情况下宝宝体温调节中枢发育不完善，就会出现高烧的情况，需要及时送往医院进行相关的检查，以免导致身体的其他组织或器官受到影响。
2、病毒感染
如果宝宝不小心受到了病毒感染的情况，也有可能会出现发烧、身体乏力、食欲减退的情况，因为体内有病毒存在，一直没有去除，所以宝宝会出现反复发烧的现象。可以通过静脉注射利巴韦林的方式改善，同时还需要服用布洛芬混悬液退烧。