病因发病机制没有一种满意的解释，但在某些易感因素和推理上，看法比较一致。这些易感因素包括了：肠道缺血、肠道感染、肠屏障功能受损、呼吸窘迫综合征、出血、窒息、先天性心脏病合并心力衰竭、败血症、休克、低温、红细胞增多和(或)血液黏滞度高，人工喂养等。
1、肠道缺血
多种原因造成的内脏血管收缩，肠系膜血管供血不足均可导致肠道缺血性损害，肠黏膜对缺血的易感性最为突出。实验观察大鼠在出现失血性休克1h后，其小肠黏膜即发生自溶现象。临床上处理缺血性损害的原则应是尽早恢复血液再灌注(reperfusion)增加组织供氧，但长时间的缺血在恢复灌流后会出现再灌注损伤(reperfusioninjury)，这种损伤是由于钙超载、氧自由基生成、中性粒细胞被激活所引发包括弹性蛋白酶(elastase)和胶原酶(collagenase)在内的多种酶的释放以及内皮细胞稳态失衡等原因所造成。
2、肠道感染
肠道是人体最大的细菌库，由于肠黏膜自身的保护作用致使细菌和毒素不能入侵，这种保护作用被称之为防御屏障。休克、肠缺血、窒息、人工喂养不良等均可导致肠屏障的破坏，进而造成肠道内细菌微生态的失衡以及细菌及毒素的入侵而诱发AHNE。对于AHNE致病性病原体还没有确切的认识，但从病人的粪便中可分离出厌氧菌、大肠埃希杆菌、特异性的克雷白菌属、梭状芽孢或产气荚膜菌属以至病毒等，其可导致肠壁感染、坏死、穿孔。粪便中C型产气荚膜杆菌(产生β毒素的Welchii杆菌)易引起致病作用，造成肠道微循环障碍，而表现斑片状坏疽性肠道病变。
3、肠屏障功能不全
肠屏障功能包括了机械、免疫、生物、化学及运动功能屏障。在正常情况下肠黏膜上皮细胞、细胞间连接与菌膜构成了机械屏障，且肠道黏液和黏蛋白形成了覆盖于肠黏膜表面的弹性蛋白层，使细菌不能入侵并对化学和机械性刺激起到保护作用。正常情况下由肠黏膜分泌的分泌型免疫球蛋白(sIgA)对黏膜局部免疫功能极为重要，是为免疫屏障，其作用在于使黏膜表面形成保护层，阻止细菌黏附，使细菌凝集，抑制细菌活动并中和细菌毒素及抵御病毒，对多种蛋白水解酶。sIgA的缺乏，细菌黏附于黏膜上皮并形成集落，进而造成细菌和内毒素经门静脉和淋巴系统侵入体循环，形成肠源性内毒素血症和细菌易位(bacteria translocation，BT)。
4、有关炎性介质的作用
对AHNE的发病机制近年来更多地集中到对有关炎性介质的研究上。损伤、肠源性内毒素血症和细菌易位在一定条件下会激发细胞因子和炎性介质的连锁反应，在AHNE的动物实验模型中已发现血小板活化因子(PAF)、肿瘤坏死因子α(TNFα)、白细胞介素6(IL-6)及内皮素1(ET-1)可能是引发其发病的重要炎性介质。
