(一)发病原因
阿克森费尔德-里格尔异常或综合征为常染色体显性遗传，男、女患病机会相等，常有家族性病史，但也有散发病例的报道。其病因最初的观点认为Axenfeld-Rieger综合征是发育畸形的一类疾病。Reese认为是虹膜角膜角不完全分化而导致眼前节中胚叶组织发育异常，提出虹膜角膜角劈裂综合征包括Axenfeld异常、Rieger异常、Peter异常等3类疾病。在胚胎4至6个月时前房形成并分化成虹膜角膜角结构，此时如果角膜与虹膜间的中胚叶组织分化停滞，细胞和组织残留，就会导致眼前节的异常。近来的研究揭示神经嵴细胞是阿克森费尔德-里格尔或综合征最可能受累的原始组织。从神经嵴细胞发育而来的眼前节组织在胚胎末期发育受阻，导致虹膜和虹膜角膜角原始内皮细胞的不正常和房水排出系统的变异。
(二)发病机制
基于临床和组织病理学的观察以及现代对正常眼前节发育的认识，有一学说谈及从神经嵴细胞起源的某些眼前部的结构，在妊娠晚期发育停止，致使A-R综合征患者出现眼部的损害，包括虹膜和虹膜角膜角原始内皮细胞层的不正常和房水排出结构的变异。
1.虹膜改变 在虹膜前面，虹膜角膜角的组织条带及异常的Schwalbe线上，有一种异常的膜组织，代表原始内皮细胞层的残留小岛。虹膜面上的膜收缩可能与瞳孔异位、色素膜外翻、虹膜萎缩与裂孔形成有关，当然萎缩与裂孔形成也可能与其他因素如缺血有关。残留的原始内皮细胞与虹膜、角膜粘连有关。在正常胚胎发育过程中，此种原始内皮细胞层应消失，但A-R综合征患者仍保留，并从角膜内皮层的边缘伸到虹膜周边部，部分色素组织与此膜接触，构成虹膜角膜组织条带。
2.角膜后胚胎环 虹膜角膜角内皮的原始内皮细胞层发育异常使角膜内皮与小梁内皮层的连接处向前移位，由于内皮细胞层代谢性异常，使周边部后弹力膜异常或后弹力膜样结构覆盖于小梁网，大量活性异常的细胞发生在此连接处，而形成Schwalbe线增厚及前移。
3.房水排出结构异常 妊娠末3个月的发育停滞，阻断了前部色素膜组织完全向后退缩，导致虹膜呈高位附着于小梁网后部;发育停滞也可能导致小梁网和Schlemm管形成不完全，两者都可以使房水排出受影响而使眼压升高。
4.其他 前脑、垂体腺、上颌部骨和软骨及牙的大部分间质均起源于神经嵴细胞。故神经嵴发育异常也可解释垂体、面骨及牙齿的发育异常。此外虹膜基质、脉络膜、皮肤和头发的色素细胞均自神经嵴的黑色素细胞发育而来。但用神经嵴细胞发育异常还不能解释本征的所有临床表现，如脐周皮肤皱褶过多和泌尿生殖系统异常等，A-R综合征还涉及到除神经嵴以外的原始外胚胎层。
