导致流产的原因很复杂，是多种的，早期流产较为常见的原因为染色体异常、内分泌异常、子宫发育不良或畸形。
一、染色体异常 染色体异常包括染色体数目异常，如单体、三体、多倍体;结构异常，如断裂、缺失、易位均可致流产。有人对自然流产和治疗性流产进行染色体的研究，发现在自然流产中核型异常者占60%。核型异常者每伴有胎儿或胎盘等一种结构上的异常。而核型正常者流产的胎儿多正常。
二、内分泌失调 雌激素过多与孕酮不足亦为早期流产的原因。因在妊娠12～14周正处于胎盘形成代替妊娠黄体功能的时期，易有内分泌失调，尤以黄体功能不足。此外，甲状腺素缺少，使细胞的氧化过程遭受障碍，以及甲状腺机能亢进与糖尿病等皆易发生流产。
三、胎盘异常与胎盘内分泌不足 早期妊娠时的蜕膜炎可使底蜕膜出血或增生，绒毛上皮细胞及蜕膜细胞被溶解，绒毛内血管阻塞，影响营养物质的吸收与运送，以致孕卵从附着处分离、出血而流产。此外如胎盘内巨大梗塞可使胎盘功能降低，影响胎儿生存;而前置胎盘、胎盘绒毛水肿变性致成流产者亦不少见。妊娠后母血中β-hCG、hPL、P、E2、雌酮，早孕时如这些激素值下降，则50%流产。
四、血型不合 由于以往妊娠或输血，致Rh因子、不合的ABO血型因子在母体中产生抗体，此次妊娠由胎盘进入胎儿体内与红细胞凝集而产生溶血，以致流产。
五、精神神经因素 如惊吓、严重精神刺激等也都可致成流产。近年来通过研究认为，噪音与振动对人的生殖有一定影响。
六、母体全身性疾病
(一)严重的急性传染病和感染疾病：如大叶性肺炎，多伴发生高热导致子宫收缩，或/和胚胎死亡均可致流产。
(二)慢性疾病：严重贫血、心脏病、心力衰竭可引起胎儿缺氧、窒息而死亡;慢性肾炎、严重高血压可使胎盘发生梗死或早剥离而引起流产。
(三)营养不良或药物中毒：如维生素缺乏，特别是维生素E—生育醇的缺乏，汞、铅、酒精及吗啡等慢性中毒，均可引起流产。
七、生殖器官疾病 子宫畸形，如双角子宫、子宫腔纵隔，常为流产的原因。但子宫发育不良往往是不孕的原因。此外，如子宫肌瘤，尤其是向子宫腔内发展的粘膜下肌瘤或嵌顿在骨舅腔中的卵巢囊瘤，均可影响胎儿的发育而导致流产。子宫内口松弛为习惯性流产常见原因之一。近年来发现宫腔粘连患者中，约14%发生在流产后。粘连引起宫腔缩小、变形和子宫内膜面积减少，且有硬化，影响胚胎发育。
八、免疫因素 对原因不明者，近年来研究发现多数与免疫因素密切相关。
(一)组织相容抗原(histocompatibility locus antigen，HLA)：HLA复合体定位于人的第六对染色体短臂的一个区段上，至少包括4个与移植有关的基因位点：HLA-A、B、C、D/DR等。正常妊娠时夫妇HLA不相容，可维持遗传的多样性，防止致死纯合子的产生。而习惯性流产夫妇间HLA抗原相容的频率大于正常妊娠者，其中以DR抗原相同的机会更多。过多的共有抗原，阻止母体对妊娠作为异体抗原的辨认，不能刺激母体产生维持妊娠所需的抗体，缺乏抗体的调节作用。母体免疫系统易对胎儿产生免疫学攻击，而导致流产。
(二)抗磷脂抗体：为一组自身免疫性抗体，其中包括狼疮抗凝抗体(LA)及抗心磷脂抗体(acl)。近年来研究发现，在自身免疫性疾病，某些感染、药物，或不明原因的疾患中，如抗磷脂抗体阳性，习惯性流产发生率极高。患者常有动静脉血栓形成，血小板减少，考虑致流产的原因是由于血栓形成，引起蜕膜或胎盘功能不足。抗磷脂抗体不是作用于妊娠早期导致流产，而是作用于妊娠中、晚期使胎儿死亡，抗磷脂抗体可能是中晚期流产的因素。
(三)抗精子抗体：在反复自然流产(recurent spontaneous abortion，RSA)夫妇中，研究发现双方或男方血清中的抗精子抗体。动物实验证明抗精子抗体有杀死胚胎的作用。提示该抗体的存在与RSA有关。国内亦有报道女方抗精子抗体阳性多见，说明女方对精子的同种异体免疫及丈夫的自身免疫均与RSA有关。
抗精子抗体引起的流产，多发生在3个月以内的早期流产，即母体内精子凝集抗体持续作用于早期胚胎组织致病变，使胚胎受损而流产。
