胃肠上皮化生通常难以治愈，但可以通过治疗来维持病症不恶化。胃肠上皮化生是由长期慢性胃炎所产生的，体现为胃黏膜表层上皮和腺体被杯状细胞特征的腺体所取代。胃肠上皮化生可采取注意饮食、保护胃黏膜、服用抗菌药物（幽门螺杆菌）、定期复查的方式来治疗。
1、多吃易消化无刺激性的食物，如西红柿、白菜、酸奶等，戒烟戒酒，饮食规律。
2、可服用保护胃黏膜药物，如硫糖铝、思密达等。同时避免服用伤害胃黏膜的药物，如阿司匹林、吲哚美辛等。
3、幽门螺杆菌是慢性胃炎的头号帮凶，治疗幽门螺杆菌效果较好的抗菌药有克林霉素、阿莫西林、四环素和甲硝唑。
4、建议最好每年复查一次胃镜，评估胃黏膜化生程度，预防癌前病变。