怀孕三个月头疼的原因主要考虑为妊娠反应、外感风邪引起的感冒等，需要在明确诊断后，根据不同的病因进行对症治疗。
1、妊娠反应
由于个人体质之间存在差异，妊娠反应的程度以及持续时间也有所不同，具体表现为头晕、头疼、乏力、嗜睡等，属于正常的生理反应。通常来说不适反应可在妊娠12周可自然消失，但也可能延长至妊娠20周-22周。一般可不做特殊处理，可以进行局部按摩，注意休息，保证充足的睡眠，做好防寒保暖措施，避免受凉，适当多吃一些新鲜的蔬菜和水果，例如菠菜、苹果等，补充维生素，同时需要定期产检。
2、感冒
外感风寒引起风寒感冒，或者外感风热引起风热感冒，都可出现头疼的症状。风寒感冒的具体临床症状为头痛、鼻塞、流清涕等，多发于冬季；风热感冒以头胀头痛、咽喉肿痛、咳嗽等为主要表现。若感冒引起的头痛症状较轻微，且无其他不适症状，一般不建议使用药物，注意休息以及保持室内空气流通，多饮水。头痛长时间未能缓解，需要进行药物治疗，风寒感冒可服用荆防颗粒、风寒感冒颗粒等，风热感冒可口服风热感冒颗粒、桑菊感冒颗粒等，具体药物使用必须严格按照医生的指导，切忌盲目用药，以免对胎儿产生不良影响。