三个月宝宝大便墨绿色可能是由于母乳喂养不当、消化不良等原因引起的，建议及时带宝宝就医，一般可以通过改善日常生活习惯、应用药物等方式进行治疗。
1、母乳喂养不当：如果宝宝的母亲在日常生活中进食过多的含有铁元素的食物，或者存在有口服药物的现象，就会导致宝宝的大便呈现为墨绿色。建议患儿母亲在日常生活中注意饮食，避免食用过量铁元素食物，营养均衡，以清淡饮食为主。
2、消化不良：如果三个月宝宝的母亲在日常饮食当中食用了生冷、油腻或具有比较强的刺激性的食物，就会通过乳汁影响到宝宝的胃肠功能，导致宝宝出现消化功能紊乱的现象，进而造成大便墨绿色的情况。建议三个月宝宝的母亲在日常生活中尽量食用清淡食物，避免摄入辛辣刺激性食物。三个月宝宝还可以在医生的指导下，通过使用乳酸菌、益生菌等药物进行治疗。