吃甲硝唑后口臭消失了不一定是胃肠方面的疾病，通常考虑为是厌氧菌感染的疾病。根据患者对病情的描述通常考虑为牙周炎以及慢性胃炎等疾病。建议患者前往医院就诊并且明确病因，对症治疗。
1、牙周炎：是指患者由于牙结石、牙菌斑、吸烟等导致的细菌感染从而引发的疾病。患者症状通常表现为牙周脓肿、根面龋、口臭等。建议患者在医生的指导下选择相应药物进行治疗比如米诺环素、甲硝唑以及替硝唑等。
2、慢性胃炎：是指患者由于胃黏膜慢性炎症、幽门螺杆菌、Hp感染、自身免疫以及十二指肠-胃反流等因素长期存在导致的胃部慢性炎症。患者症状通常表现为腹泻、反酸、恶心以及口臭等。建议患者在医生的指导下选择相应药物进行治疗，比如克林霉素、甲硝唑以及阿莫西林等。