一般情况下，导致吃木瓜拉肚子的原因有很多，例如胃肠痉挛、急性肠胃炎等原因，通常可以通过应用药物、改善生活习惯等方式进行治疗。
1、胃肠痉挛
如果食用的木瓜较凉，食用后会刺激胃肠内壁，引起胃肠平滑肌的急性收缩，产生胃肠痉挛，会引发胃肠道不适反应，例如呕吐、腹泻等，一般可以在医生的指导下应用胆碱能受体阻滞剂药物舒张平滑肌，例如颠茄片、山莨菪碱等。
2、急性肠胃炎
通常在吃木瓜时，由于木瓜没洗干净，或者木瓜发生了变质，导致致病细菌进入消化道，刺激胃肠黏膜引起感染，发生急性肠胃炎，从而出现吃木瓜后拉肚子的情况，一般也会伴随腹痛、呕吐等消化道症状，可以在医生指导下应用蒙脱石散、诺氟沙星等药物进行治疗。对于肠胃功能较弱的人，吃木瓜前可以用热水泡一泡避免太凉，而且吃木瓜梨前一定要洗干净，不要吃腐败变质的食物。