宝宝病毒感染退烧后仍哭闹烦躁的原因可能为：病毒感染仍未完全痊愈、肌肉酸痛不适、腹部肠胃不适等。宝宝退烧后仍哭闹应该冷静处理，找出病因合理治疗。
1、病毒感染仍未完全痊愈
病毒感染经治疗后退烧了，但是并不代表宝宝体内病毒全部清除了。感染未完全痊愈，宝宝仍会出现不适的症状，例如鼻塞、咳嗽、咽痛。可以在医生指导下使用一些抗病毒药物进行治疗，如奥司他韦、利巴韦林等。平时做好护理，情况严重及时就医。
2、肌肉酸痛不适
病毒感染退烧后，宝宝的肌肉中因代谢会产生乳酸堆积，引起浑身肌肉酸痛，导致宝宝哭闹烦躁。建议可以好好安抚宝宝，适当的按摩宝宝的四肢，然后加强营养。
3、腹部肠胃不适
宝宝的肠胃功能较差，发烧的时候常伴有腹泻呕吐症状，烧退了之后肠胃症状恢复仍需要一段时间，因此会出现哭闹的表现。建议先正常喂养母乳，在医生指导下补充电解质溶液，多让宝宝饮水。情况严重可以服用适合宝宝的药物，如蒙脱石散、双歧杆菌等，要在儿科医生指导下进行。