新生儿做核磁共振打镇静剂一般是安全的。镇静剂具有镇静、催眠、麻醉等作用，可以缓解精神紧张，只有在过量服用或长期服用的情况下才会产生毒副作用。
新生儿在做核磁共振时打的镇静剂通常都是儿科常用镇静剂，剂量在一定范围内，只使用一次，副作用小，不会对新生儿造成强烈不良影响。而且核磁共振是指磁共振成像，是一种非介入探测技术，没有电离辐射，对人体没有损害。做磁共振时需要孩子躺着维持一个姿势长时间不动，但大部分新生儿都难以做到，因此需要打镇静剂来使宝宝保持安静。如果实在担心影响，家长可以在做检查前使孩子睡着，避免使用镇静剂。