新生儿用抗生素其副作用与选择抗生素种类有关。大部分新生儿选择抗生素都比较单一，也比较简单，相对副作用比较少，影响比较小。对新生儿产生的影响主要在本身原发病方面，如重症感染等，所以控制原发病更重要。
一般新生儿感染主要来自宫内，其细菌对青霉素类比较敏感，常规会选择青霉素或者是氨苄青霉素类药物。青霉素类副作用有过敏反应如荨麻疹、间质性肾炎、白细胞减少、哮喘发作等，抽搐、肾功能不全等毒性反应等。
如果新生儿发生了重症感染，尤其是发生脓毒症休克，确定是细菌感染后，常用美罗培南或者万古霉素等。美罗培南可见肝肾功能不全等毒性作用。万古霉素可见休克，呼吸困难，急性肾功能不全，肝功能损害，多种血细胞减少等副作用。