染色体Y缺失是否会影响生育，通常需要根据缺失的具体类型和程度来判断。多数情况下，Y染色体微缺失可能影响男性生育能力，但存在个体差异。
1、AZF区域微缺失
Y染色体长臂的AZF区域与生精功能密切相关。若该区域发生微缺失，可能导致少精症或无精症。例如AZFc区缺失患者可能保留部分生精能力，而AZFa或AZFb区完全缺失通常导致睾丸内无精子生成。这种情况可通过睾丸显微取精术结合ICSI技术尝试生育。
2、Y染色体结构异常
如环状Y染色体或等臂染色体等结构异常，可能干扰减数分裂过程，导致精子DNA碎片率升高。这类患者即使能产生精子，自然受孕后也容易出现胚胎停育，建议选择胚胎植入前遗传学检测（PGT）技术。
3、完全Y染色体缺失
临床上较为罕见，通常表现为46,XY核型完全缺失，这类患者睾丸发育严重受损，第二性征发育异常，精液中无法检测到精子。此类情况需要考虑供精人工授精或领养等替代方案。
存在Y染色体缺失的男性，建议进行精液分析、性激素检测和遗传咨询。现代辅助生殖技术如睾丸取精术联合单精子卵胞浆内注射，已帮助许多患者成功生育。但需注意此类遗传缺陷可能传递给男性后代，应在生殖医学专家指导下制定个性化治疗方案。