肥厚型心肌病患者的寿命通常与病情严重程度、治疗依从性及是否出现并发症有关。多数患者通过规范治疗可长期生存，部分病情稳定者甚至接近正常寿命，但少数合并严重心律失常或心力衰竭的患者预后可能较差。
肥厚型心肌病的自然病程差异较大，约半数患者无明显症状且寿命不受显著影响。若患者规律服用β受体阻滞剂（如美托洛尔）、钙通道阻滞剂（如维拉帕米）等药物控制心室流出道梗阻，配合定期心脏超声和动态心电图监测，往往能有效延缓疾病进展。对于存在室间隔显著肥厚的患者，接受室间隔心肌切除术或酒精消融术后，10年生存率可达80%以上。
合并持续性心房颤动或室性心动过速的患者，及时植入心脏复律除颤器可显著降低心源性猝死风险。研究显示，规范使用胺碘酮等抗心律失常药物结合器械治疗，可使年猝死率从4-6%降至1%以下。但若发生反复晕厥、左心室射血分数持续低于50%或出现难治性心力衰竭，5年生存率可能下降至60-70%。
建议确诊患者每3-6个月进行心脏专科随访，严格控制血压和心率，避免剧烈运动。基因检测有助于识别高危突变携带者，家族成员应定期筛查。通过规范化的药物、手术及生活方式管理，绝大多数患者能够获得良好的长期生存质量。