臭豆腐作为传统发酵豆制品，适量食用一般不会对身体造成明显危害，但其具体影响与制作工艺、食用量及个人体质有关。若过量食用或制作不当，可能引发消化不良、盐分摄入过高等问题。
臭豆腐在发酵过程中会分解蛋白质产生含硫化合物等物质，这些物质可能刺激胃肠道黏膜。部分人群食用后可能出现腹胀、反酸或腹泻，尤其胃肠功能较弱者症状更易出现。工业化生产若卫生条件不达标，可能存在杂菌污染风险，可能引发急性胃肠炎。
其钠含量通常较高，100克臭豆腐约含500-800毫克钠。频繁过量食用可能增加高血压患者的血压波动风险，对于需要控盐的心血管疾病人群不利。油炸类臭豆腐热量可达200-300千卡/100克，长期大量食用可能增加肥胖概率。
少数人可能对发酵产生的组胺等物质过敏，食用后可能出现皮肤瘙痒、荨麻疹等过敏反应。建议首次尝试者少量食用观察反应，过敏体质者应谨慎食用。食用时建议搭配新鲜蔬菜补充膳食纤维，有助于促进消化。
日常食用应选择正规厂家生产的商品，注意查看保质期和储存条件。建议每周食用不超过2-3次，单次食用量控制在100-150克以内。出现持续腹痛、呕吐或皮疹等情况，应及时就医检查。保持饮食多样性，避免长期单一摄入发酵食品。