体外冲击波碎石手术通常是治疗泌尿系结石的安全有效方法，但存在一定的副作用和健康风险。多数患者术后可能出现轻微不适，少数情况下可能发生较严重的并发症。
血尿是体外冲击波碎石术后最常见的反应，约90%以上的患者会出现不同程度的血尿。这是由于冲击波能量作用于结石时对周围黏膜组织产生微小损伤所致，通常表现为淡红色尿液，多数在术后1-2天内自行消失。若持续超过72小时或出现血块，需及时告知医生。
约30%-50%的患者会在碎石后出现肾区疼痛，多与结石碎片排出过程有关。这种疼痛多呈阵发性绞痛，可通过热敷、解痉药物如盐酸坦索罗辛缓释胶囊、消旋山莨菪碱片等进行缓解。极少数患者可能因碎石堆积形成"石街"，表现为持续剧烈腰痛伴排尿困难，需通过输尿管镜取石术处理。
该手术可能引发的严重并发症包括肾周血肿（发生率0.1%-0.3%）和感染性休克（发生率0.2%-0.5%）。凝血功能障碍、未控制的尿路感染或结石体积过大患者风险较高。术前需完善凝血功能、尿培养等检查，术后密切监测体温和血压变化。对于糖尿病患者及免疫力低下人群，建议预防性使用抗生素。
接受体外冲击波碎石术后应保持每日2000-3000ml饮水量，适当增加跳跃等运动促进排石。术后1周需复查泌尿系超声评估碎石效果，若出现持续发热、尿量明显减少或剧烈腹痛等情况应立即就医。育龄期女性治疗前需排除妊娠，避免冲击波对胚胎发育造成影响。