衣原体和支原体均不属于传统意义上的细菌，而是介于细菌与病毒之间的微生物。它们虽然与细菌同属原核生物，但在生物学特性上存在明显差异，需通过特殊检测手段进行鉴别。
1、衣原体
衣原体属于严格细胞内寄生的微生物，自身无法合成能量物质，必须依赖宿主细胞完成代谢过程。其生命周期包括具有感染性的原体和具有繁殖力的网状体两种形态，这与常规细菌的繁殖方式存在显著区别。临床常见的沙眼衣原体感染可引发泌尿生殖系统炎症及眼部疾病。
2、支原体
作为目前已知最小且无细胞壁结构的原核生物，支原体具有高度多形性特征。肺炎支原体是引发非典型肺炎的主要病原体，其致病机制与细菌不同，主要通过黏附宿主细胞表面并释放过氧化氢等毒性物质造成组织损伤。
3、检测差异
临床实验室通常采用核酸扩增技术进行鉴别，如针对衣原体质粒DNA的PCR检测，以及支原体培养结合生化反应的特殊检测方法。血清学检测中，支原体冷凝集试验具有辅助诊断价值。
当出现疑似感染症状时，建议及时进行病原学检测。临床医生会根据检测结果选择针对性治疗方案，如大环内酯类抗生素对支原体感染有效，而衣原体感染多采用四环素类药物治疗。确诊前应避免自行使用抗生素，以免影响检测结果或导致耐药性产生。