更昔洛韦与阿昔洛韦在适应症、作用机制及副作用等方面存在差异。更昔洛韦适用于巨细胞病毒感染，而阿昔洛韦主要用于单纯疱疹病毒及水痘-带状疱疹病毒感染。
1、适应症不同
更昔洛韦的适应症为巨细胞病毒感染，常见于免疫力低下人群，如艾滋病或器官移植患者。阿昔洛韦主要用于治疗单纯疱疹病毒引起的口唇疱疹、生殖器疱疹，以及水痘-带状疱疹病毒引发的带状疱疹。
2、作用机制差异
两者均为核苷类似物，但更昔洛韦对巨细胞病毒DNA聚合酶的抑制活性更强，需在病毒感染的细胞内被磷酸化后发挥作用。阿昔洛韦则通过干扰疱疹病毒DNA合成，抑制病毒复制。
3、副作用区别
更昔洛韦可能引起骨髓抑制（如中性粒细胞减少）、肾功能异常等严重不良反应。阿昔洛韦常见副作用包括注射部位炎症、肾功能指标异常及神经系统症状（头痛、眩晕）。
4、用药方式差异
更昔洛韦多采用静脉给药，严重感染时需持续输注。阿昔洛韦可通过口服、静脉注射或外用乳膏等多种剂型使用，具体取决于感染部位和严重程度。
5、特殊人群用药
妊娠期使用更昔洛韦需严格评估风险，哺乳期禁用；阿昔洛韦在妊娠期属于B类用药，相对安全性较高，但需遵医嘱使用。
两种药物均需在医生指导下规范使用，避免自行更换药物或调整剂量。用药期间应定期监测血常规、肾功能等指标，出现严重不良反应需立即就诊。