脑炎的严重程度通常与病因、病情进展速度以及治疗是否及时等因素有关，部分患者可能预后良好，但重症脑炎可能危及生命或遗留后遗症。
1、病毒性脑炎
多数患者早期规范治疗可有效控制病情。例如单纯疱疹病毒性脑炎在发病72小时内使用阿昔洛韦等抗病毒药物，通常能显著改善症状。若延误治疗，可能引发癫痫、认知障碍等神经系统后遗症。部分轻症患者仅表现为头痛、低热，经支持治疗1-2周可恢复。
2、细菌性脑炎
如化脓性脑膜炎未及时使用头孢曲松等抗生素，24小时内可能出现意识障碍、脑疝等危急情况，病死率可达30%。这类感染常伴高热、剧烈头痛和颈项强直，需在ICU进行监护治疗，部分幸存者可能遗留听力损伤或运动障碍。
3、自身免疫性脑炎
抗NMDA受体脑炎等类型呈亚急性进展，及时采用丙种球蛋白冲击和激素治疗，约80%患者功能可部分恢复，但完全康复需6-12个月康复训练。未规范治疗者可能出现精神行为异常、自主神经功能紊乱等长期症状。
出现发热伴精神萎靡、抽搐、意识模糊等症状时，需立即到神经内科急诊。治疗期间需严格监测颅内压、电解质平衡，康复阶段应配合认知训练和物理治疗。多数患者通过早期干预可获得较好预后，但个体差异较大，需遵循医嘱进行全程管理。