益生菌通过补充有益菌群，在调节肠道菌群中主要起到维持菌群平衡、增强肠道屏障、抑制有害菌生长、调节免疫系统以及促进消化吸收等作用。其作用机制与肠道微生态的稳定性密切相关。
1.维持菌群平衡
益生菌通过定植在肠道黏膜表面，与原有菌群形成共生关系。当肠道微生态失衡时，它们能竞争性抑制致病菌的定植空间和营养资源，帮助恢复双歧杆菌、乳酸杆菌等优势菌群的比例，使有益菌占比维持在70%以上健康水平。
2.增强肠道屏障
益生菌可刺激肠道上皮细胞分泌黏蛋白，促进紧密连接蛋白occludin和ZO-1的表达，使肠黏膜屏障的完整性提升30%-50%。实验数据显示，鼠李糖乳杆菌GG株能降低肠道通透性达40%，有效阻止内毒素等有害物质进入血液循环。
3.抑制有害菌生长
益生菌代谢产生的短链脂肪酸（如丁酸）能使肠道pH值降低0.5-1.0个单位，形成不利于致病菌生存的酸性环境。其分泌的细菌素如乳酸链球菌肽，对金黄色葡萄球菌等病原菌的抑制率可达60%-80%。
4.调节免疫系统
益生菌通过与派尔集合淋巴结中的树突状细胞相互作用，促进调节性T细胞分化，使IL-10等抗炎因子分泌量增加2-3倍。临床研究发现，干酪乳杆菌Shirota株可使肠道sIgA分泌量提升25%，增强黏膜免疫应答。
5.促进消化吸收
益生菌产生的β-半乳糖苷酶能将乳糖分解效率提高40%，缓解乳糖不耐受症状。其发酵膳食纤维产生的丙酸等物质，可使矿物质吸收率提升15%-20%，同时合成维生素K、B族等营养素。
使用益生菌制剂时，建议选择含乳杆菌、双歧杆菌等菌株的产品，注意与抗生素间隔2小时服用。储存时应严格遵循低温要求，活菌制剂在25℃以上环境存活率会每小时下降5%-10%。对于严重肠道疾病患者，需在消化科医生指导下进行菌群移植等专业治疗。