阴茎结核主要通过阴茎与结核分枝杆菌直接接触感染，少数为血行感染，严重的尿道结核也可波及阴茎。
主要通过阴茎与结核杆菌直接接触发生感染。Lewis（1946）统计的65％的原发阴茎结核皆因宗教割礼包皮环切时，用口吸吮阴茎止血所引起，这种方法已弃用。阴茎头与有病变的子宫颈接触，亦可引起阴茎结核。血行感染则可直接侵犯阴茎海绵体，引起结核性海绵体炎。另一种传染方式为严重的尿道结核发展成尿道周围炎，最后侵及阴茎海绵体及阴茎头。直接接触感染病变多发生在阴茎头、阴茎系带或外尿道口，最初为结核结节，以后成为溃疡，溃疡境界清楚，周边硬，基底部有干酪样坏死或肉芽组织。溃疡逐渐扩大可侵及阴茎头全部，腹股沟淋巴结亦常有继发结核性感染。海绵体结核多表现为结节性增生，纤维组织可使阴茎变形弯曲，有时可形成瘘管。
阴茎海绵体受累时，阴茎勃起弯曲和疼痛，有时可形成瘘管。结核杆菌可以经尿道上行性感染影响膀胱、输尿管、肾脏，导致膀胱结核、输尿管结核、肾结核，可以出现血尿、脓性尿以及尿频等改变，同时可并发输尿管堵塞（称作肾自截）、膀胱挛缩，使膀胱容积减小，并发严重的尿频。
临床表现有继发于泌尿生殖系结核的尿频、血尿病史。病变开始于阴茎头、系带、冠状沟等处。初期为绿豆大小的硬结，周围肿胀变硬，无疼痛，逐渐形成溃疡，形状不规则，边缘呈潜入性，溃疡表面有脓苔，不易剥除，无触痛。血沉快。华康氏反应阴性。
预防泌尿生殖系结核的根本措施是预防肺结核，由于近年来分子生物学的进展，人类可能运用新的预防、诊断及治疗方法来消灭结核病
1、消灭传染源：建立结核病监测网络，及时发现病人，积极彻底治疗，可迅速控制传染源有效的化疗虽然需数月才能使痰菌阴转，但2周内可使患者的传染性降低到几乎消失
2、保护易感人群：接种卡介苗是预防结核病最有效的办法，新生儿出生时即接种，以后每5年补种，直至15岁接种卡介苗有划痕法和皮内注射法两种在青少年中，对结素试验阳性者，可采用INH化学性预防，每日300mg，持续半年到1年
3、切断传播途径：活动期病人带口罩，不随地吐痰，防止大笑和情绪激昂的讲话：保持室内通风，空气清洁，紫外线照射消毒等，都是切断传播途径的有效手段
阴茎结核在确诊时，除依靠其临床表现外，还需借助辅助检查。阴茎结核无特殊相关检查。可以取溃疡分泌物直接涂片或结核菌培养可找到结核杆菌，或者做局部活检，病理检查可确诊。
阴茎结核患的饮食是什么，好的饮食办法可以有助于患者的医治及康复，以下几种饮食可以有用调理增补患者身体所缺的养分。
1、饮食中应加入抗感染的食品，如胡桃、瓜篓、豆豉、橄榄、杏仁、丝瓜、鲫鱼。
2、为增强免疫功能，可选用甲鱼、乌龟、虾、沙虫、青鱼、沙鱼等。
3、对症选用抗溃疡的食品，如荠菜、螺丝、金珍菜、海鹞鱼、油菜、芋艿、绿豆、赤豆、陈小麦粉、马兰头、泥鳅、鲥鱼。
治疗阴茎结核常用的西医疗法，具体如下：
1、寻找体内其他结核灶，首先处理肾结核、前列腺结核、附睾结核。
2、抗结核药物治疗。
3、阴茎结核抗结核药物治疗无效时，可行病变局部切除术。